بطبيعة الحال يرجع سبب استعمال الكيميائيين للنماذج لدراسة المادة التي لاترى بالعين المجردة لسبب واحد وهو عدم المقدرة على توفير النموذج الطبيعي بشكله المستقل، فيتم اللجوء إلى النماذج الأخرى التي لا ترى بالعين، وهذا أمر قد تعتبروه صعب ولكنه غاية في البساطة.